L'île d'Anjouan est la principale zone de production agricole de l'Union. Les principales ressources de devises sont la vanille, l'ylang-ylang et le girofle, ces deux dernières productions étant récoltées principalement dans l'île. La production des fruits et des légumes y est aussi importante et des exportations ont lieu vers Mayotte. On y cultive également un peu de riz, mais très insuffisamment pour l'autosuffisance. D'autre part les habitudes alimentaires prises de consommer des produits exotiques (farine, riz, pomme de terre...) déstabilisent la production.
L'île abrite le port hauturier de Mutsamudu et l'école des pêches. L'île possède de grandes plages de sable noir et très peu de sable blanc, le tourisme y est donc confidentiel.