Traditionnellement tous les amibes à pseudopodes ont été traités en même temps comme la Lobosea, placé avec d'autres amoeboids dans l'embranchement Sarcodina ou Rhizopoda, mais ceux-ci étaient considérés comme des groupes non-naturels. Des études génétiques et structurelles ont montré que les Percolozoa et Archamoebae sont de groupes indépendants. En phylogénie basées sur l'ARNr leurs représentants ont été séparés des autres amibes, et semble diverger près de la base de eucaryotes évolution, de même que la plupart des moisissures limons.
Toutefois, les arbres ont été révisés par Cavalier-Smith et Chao en 1996 et il a été suggéré que les autres lobosans forment un groupe monophylétique, et qu'Archamoebae et Mycetozoa sont étroitement liées à celui-ci, bien que les Percolozoa ne le sont pas.