Le consensus est aujourd'hui établi sur la division des Amniotes en deux groupes monophylétiques : celui au sein duquel prennent place les Mammifères auprès des Reptiles mammaliens dont ils sont issus, et celui qui rassemble les « autres » Reptiles, parmi lesquels, chez les Archosauriens, les Oiseaux (issus des Dinosaures) et les Crocodiliens sont des groupes frères dans la faune actuelle.
Néanmoins la place des Tortues dans le second groupe reste aujourd'hui sujette à caution. Sont-elles des Anapsides (cf. le cladogramme ci-dessus) ? Sont-elles plutôt des Diapsides ? Et dans ce cas, sont-elles le groupe frère des autres Diapsides, ou bien plus proches parentes des Lépidosauriens (voir ci-dessous) ? Voire des Archosauriens ?
└─o ├─o Araeoscelidia (éteint) └─o ├─o Apsisaurus (éteint) └─o ├─o Younginiformes (éteint) └─o ├─o Claudiosaurus (éteint) └─o ├─o │ ├─o Coelurosauravus (éteint) │ └─o (Paliguanidae (éteint)) │ ├─o Saurosternon (éteint) │ └─o Palaeagama (éteint) └─o ├─o │ ├─o Drepanosauridae 'éteint) │ └─o Kuehneosauridae (éteint) └─o ├─o Ichthyopterygia (éteint) └─o ├─o Thalattosauriformes (éteint) └─o ├─o (Archosauromorpha) │ ├─o Tanystropheus (éteint) │ └─o │ ├─o Macrocnemus (éteint) │ └─o │ ├─o Prolacerta (éteint) │ └─o │ ├─o Trilophosaurus (éterint) │ ├─o Rhynchosauria (éteint) │ └─o Archosauriformes └─o (Lepidosauromorpha) ├─o Choristodera (éteint) └─o ├─o │ ├─o Lepidosauria │ └─o Testudines └─o (Sauropterygia (éteint)) ├─o Helveticosaurus (éteint) └─o ├─o Placodontia (éteint) └─o Eosauropterygia (éteint)