Au milieu des années 1990, les États-Unis ont publié deux rapports concernant, d'une part, les débris trouvés et sur lesquels des communications ont été faites en 1947 et, d'autre part, les communications faites sur la récupération des extraterrestres. Les rapports identifient les débris comme provenant d'une expérience gouvernementale top secrète appelée le projet Mogul, qui consistait en des réseaux de ballons transportant des microphones et des émetteurs radioélectriques pour détecter les tests nucléaires et les missiles antibalistiques de l'Union soviétique. Les récits sur les extraterrestres ont été expliqués comme des mauvaises interprétations d'expériences militaires qui utilisaient des mannequins anthropomorphiques et d'accidents qui impliquaient des militaires blessés ou tués.
Le rapport de l'Air Force a constitué la base de la réponse des sceptiques aux auteurs qui traitaient de la récupération des extraterrestres, bien que des chercheurs sceptiques tels Philip J. Klass et Robert Todd avaient déjà publié des articles qui insinuaient le doute sur les témoignages sur les extraterrestres des années avant que l'Air Force ne publie ses conclusions.
Pendant que les livres publiés dans les années 1990 suggéraient que l'incident de Roswell était autre chose que la simple récupération d'un ballon météo, les sceptiques, et même quelques socio-anthropologues, considéraient à l'inverse que le nombre grandissant de témoignages élaborés était une preuve de la construction d'un mythe. Après la sortie du rapport de l'Air Force au milieu des années 1990, de nombreux livres, comme celui de Kal K. Korff's The Roswell UFO Crash: What They Don't Want You To Know publié en 1997, se sont basés sur les preuves présentées dans ces rapports pour conclure qu'« il n'y pas de preuve crédible que les restes d'un vaisseau spatial extraterrestre étaient impliqués. »
Des critiques ont identifié plusieurs raisons aux controverses portant sur le fait que l'incident de Roswell n'avait rien à voir avec les extraterrestres:
En 1947, les États-Unis entamaient les premières étapes de la Guerre froide avec l’Union soviétique; furent donc mis en place de nombreux programmes militaires secrets pour espionner les Soviétiques, et plus précisément leurs programmes nucléaires. L’une des expériences qui furent menées à l’époque dans le Nouveau-Mexique sous l'égide de la New York University (NYU) était le Projet Mogul, destiné à détecter les essais nucléaires soviétiques grâce à l’envoi en haute altitude de grappes ou de trains de 20 à 30 ballons météo attachés à une ligne centrale portant quelques instruments et 2 à 3 cibles radar pour un poids total de 55 livres. Ces ballons en néoprène standard puis en polyéthylène gonflés à l'hélium étaient envoyés en haute altitude depuis la base Alamogordo dans le Nouveau-Mexique.Ainsi assemblés ils transportaient 2 cibles radar pesant une centaine de grammes en papier d'aluminium collées avec du papier adhésif sur des baguettes de balsa retombaient au bout de quelques heures de vol dans un rayon d'une centaine de kilomètres de leur base de lancement selon les vents. En juin et juillet 1947,6 lancers de ballons Mogul furent réalisées avant la découverte de Brazel. Tous les trains de ballons furent récupérés sauf deux : le vol N° 4 du 4 juin et le vol N° 9 du 3 ou 4 juillet. Au même moment, on observa une hausse significative des témoignages sur les OVNIs, repris dans la presse avec toutefois des vitesses des formes une luminosite et des performances de déplacement rapprochant plus ces OVNI d'aéronefs sophistiqués et exotiques que de simple ballons errant au gré du vent. On compte 853 rapports d'observations d'OVNI en juin et juillet. Certains, comme l’Air Force (p. 3), ont supposé que la plupart de ces « soucoupes volantes » étaient en fait des ballons météo mal identifiés.
Les sceptiques, comme B. D. « Duke » Gildenberg, ont considéré l’enchaînement des évènements tel que rapporté en 1947 comme correct: un ballon météo ou un appareil similaire est découvert dans un ranch et des personnes n’ayant jamais vu ce type d’appareil auparavant pensèrent que c’était une de ces « soucoupes volantes » décrites dans les media. Quand les personnes qui connaissaient les expériences avec les ballons et les équipements virent le matériel, la confusion fut dissipée et une rectification a été publiée dans les medias.
Grâce aux rapports de l’Air Force décrivant précisément le Projet Mogul et grâce aux reconstitutions de vols de cette expérience avec les participants du projet, en particulier Charles B. Moore (Ch.3), des critiques, tel Korff, ont suggéré que les témoins avaient en fait décrit des passages de cette expérience. « La question est maintenant de savoir quel genre de soi-disant soucoupe volante extraterrestre pourrait être construite avec des morceaux de cerfs-volants, du ruban adhésif avec des symboles écrits dessus et des feuilles d’aluminium? La réponse est probablement aucune, mais ce sont précisément les matériaux principaux d’un appareil du Projet Mogul (p.155) » Pour l'US Air Force et les sceptiques ont retenu comme probable d'abord le vol de ballons Mogul en polyéthylène (matériau nouveau à l'époque) N°9 lancé le 3 ou le 4 juillet avant de se retracter car ces ballons ne portaient aucune cible radar ou instrument susceptible d'expliquer le témoignage erroné de Marcel avant d'opter dans le rapport publié en 1994 pour le lancement de ballons Mogul N° 4 en néoprène (marériau très commun)du 4 juin (dont on ne sait s'il transportait des cibles radar). Or d'après le journal de l'ingénieur Albert Crary chargé de la réalisation pratique de ces lancements de ballons Mogul le vol N°4 a été annulé à cause d'un ciel nuageux.
Certains livres pro-OVNI suggèrent que les militaires hautement entraînés de la base de Roswell, Marcel particulièrement, ne pouvaient pas confondre de communs débris de ballons avec quelque chose « qui n’est pas de ce monde ». Ces débris étaient notamment constitués de feuilles d'aspect métallique extrémement légère fine et resistantes qu'on ne pouvait couper bruler ou déchirer et qui reprenaient lors forme initiale après qu'on les ait froissées.Pour Marcel ces matériaux ne pouvaient provenir d'un ballon notamment en ce qui concerne un tissu d'aspect metallique poreux. Des critiques, comme ceux du site internet The Roswell Files soulignèrent que, puisque le terme « soucoupe volante » venait tout juste d’être inventé, personne ne savait à quoi cela devait ressembler et que les objets récupérés et qualifiés à l’époque de « soucoupes volantes » ne ressemblaient pas à cette description. Todd et le sceptique Timothy Printy soulignent également que le radar était relativement nouveau en 1947 et que, bien que la base de Roswell était la seule base nucléaire sur la planète, elle n’était pas encore équipée de radar. La description de certains débris par des témoins évoque du matériel en rapport avec les radars. Par ailleurs, les cibles radar propres à l’usage des séries de ballons Mogul étaient nouvelles et n’étaient pas largement utilisées aux États-Unis à l’époque (p. 164).Cependant ces cibles étaient faites de matériaux très communs (feuille d'aluminium baguettes de balsa ruban adhésif)Il n’y a pas de preuve dans le dossier militaire de Jesse Marcel qu’il ait approché du matériel utilisé dans les séries de ballons mais on peut supposer bien évidemment qu'il aurait reconnu cependant des constituants aussi banals. Étant donné qu’il a identifié du matériel qui s’est révélé être un cerf-volant radar dans ce qu’il a retrouvé, les sceptiques pro Air Force affirment qu’il a probablement dû être embarrassé d’admettre plus tard qu’il ne connaissait pas ce type d’équipement.Il faut néanmoins souligner que Marcel a récolté une très grande quantité de ces débris et qu'il serait donc très étonnant qu'il ait pu confondre des morceaux de néoprène du fil nylon du ruban adhésif à fleurs et des feuilles d'aluminium éparpillés par le vent avec des débris si étranges qu'il crut bon de s'arréter à son domicile pour les montrer aux membres de sa famille. De plus ces débris très résistants de différents types étaient dipersés en centaines de fragments comme par une explosion sur une surface d'un kilomètre de long et plus d'une centaine de mètres de large selon Marcel donc bien plus large que ce qu'auraient pu couvrir les debris d'un train Mogul. Le général Arthur Exon alors stationné à White Field soutenant la réalité de l'engin extra terrestre déclara à l'enquéteur Kevin Randle avoir en juillet 1947 survolé le site et observé la zone de débris du ranch de Brazel et un profond sillon dans le sol qui contredirait donc l'atterrissage en douceur d'une grappe de ballons de 55 livres poussée par le vent.
Des centaines de témoins ont été interviewés par les nombreux chercheurs, un chiffre assez impressionnant, mais seule une petite partie d’entre eux étaient des vrais « témoins » qui auraient réellement vu des débris ou des extraterrestres, soulignent les critiques. La plupart des témoins répétaient en fait les récits d’autres personnes et leur déposition eut été une inadmissible déposition sur la foi d'un tiers devant une cour de justice américaine, affirme Korff (p. 29). Sur les 90 témoins prétendument interviewés pour The Roswell Incident, affirme Korff, les témoignages de seulement vingt-cinq d’entre eux sont mentionnés dans le livre et seulement sept d’entre eux ont vu les débris. Parmi eux, cinq ont touché les débris (ibid).
Karl T. Pflock, dans son livre Roswell: Inconvenient Facts and the Will to Believe paru en 2001, fait une remarque similaire au sujet du livre UFO Crash at Roswell de Randle et Schmitt. Une liste de 271 personnes est présentée dans le livre comme les personnes qui ont été « contactées et interviewées » pour le livre, et ce nombre n’inclut pas ceux qui ont souhaité rester anonyme, etc…, ce qui signifie que plus de 300 témoins ont été interviewés, un chiffre, affirme Pflock, qui est souvent cité par les auteurs (p. 176). De ces 300 et quelques personnes, affirme Pflock, seulement 41 peuvent être « considérés comme d’authentiques témoins avec une expérience directe ou indirecte des évènements à, ou autour de, Roswell ou sur la base militaire aérienne de Fort Worth » et seulement 23 peuvent « être raisonnablement considérés comme ayant vu des preuves physiques, des débris récupérés au ranch Foster ». Parmi eux, affirme Pflock, seuls sept ont déclaré que les débris devaient venir d’une autre planète (p. 177).
En ce qui concerne les nombreux témoignages de ceux qui prétendent avoir vu des extraterrestres, des critiques ont identifié les problèmes avec ce type de témoignage, allant de la question de la fiabilité d’un témoignage indirect (Pappy Henderson, General Exon, etc.), aux plus sérieuses questions de crédibilité avec des témoins qui font des déclarations objectivement fausses ou bien des déclarations multiples et contradictoires (Gerald Anderson, Glenn Dennis, Frank Kaufmann, Jim Ragsdale), ou bien encore des confessions sur le lit de mort et des témoignages de personnes âgées et facilement désorientées (Maj. Edwin Easley, Lewis Rickett) (ch.3).
Pflock, dans une publication de 2001, note que seules quatre personnes étant directement entrées en contact avec les corps extraterrestres ont été interviewées et identifiées par les auteurs sur Roswell: Frank Kaufmann, Jim Ragsdale, Lt. Col. Albert Lovejoy Duran, Gerald Anderson (p. 118). Duran n’est mentionné que dans une note brève dans The Truth About the UFO Crash at Roswell, alors que, pour les autres, leur crédibilité pouvait être mise en cause, selon Pflock.
De plus, Pflock souligne que certains auteurs adhèrent à des témoignages qui ne conviennent pas aux scenarios qu’ils soutiennent. Frankie Rowe, par exemple, affirme plusieurs fois que son père, pompier, et son équipe ont été appelés sur le site d’un crash extraterrestre. Mais le même livre adopte d’autres récits qui décrivent une opération militaire top-secrète. « « ces récits » font partie d'une approche du style « faire toutes les suppositions et voir celles qui marchent le mieux »(p.63) ».
Le premier problème avec tous ces témoignages, accusent les critiques, est qu’ils arrivent tous au moins trente-et-un ans après les évènements en question, et dans la plupart des cas, sont racontés plus de quarante ans après les faits. Non seulement les souvenirs aussi anciens sont d’une fiabilité douteuse, affirment les critiques, mais ils sont également influencés par les autres récits.
Finalement, les récits variables de Jesse Marcel, dont les soupçons concernant le fait que ce qu’il avait récupéré en 1947 n’était « pas de ce monde » avaient à l’origine éveillé l’intérêt pour l’incident, et ceux de Bill Brazel Jr, dont le père avait découvert les débris au ranch Foster, ont jeté de sérieux doutes sur la fiabilité de leurs déclarations.
Timothy Printy souligne que Marcel avait clairement identifié les pièces avec lesquelles il apparaissait sur les photos prises à Fort Worth comme des morceaux qu’il avait récupérés, des débris sur lesquels les sceptiques et les défenseurs pro-OVNI s’accordent à dire qu’il s’agissait d’un ballon.
« En fait », dit Marcel dans The Roswell Incident, « ces pièces peuvent ressembler à de l’aluminium et du balsa, [emphase dans le texte original], mais la ressemblance s’arrête là ». Et, « ils ont pris une photo de moi au sol en train de porter des débris métalliques parmi les moins intéressants… Le matériel sur cette photo provenait bien de ce que nous avions trouvé. Ce n’était pas une mise en scène ».
Après qu’il lui eut été précisé que le matériel avec lequel il avait posé était des pièces d’un ballon, il modifia son histoire pour dire que ce matériel n’était pas celui qu’il avait découvert.
Des sceptiques comme Robert G. Todd argumentent que Marcel a embelli et exagéré son histoire, en affirmant par exemple avoir été pilote et avoir reçu cinq médailles de l’Air Force pour avoir descendu des avions ennemis, histoires qui se sont révélées fausses et son récit constamment modifié sur Roswell en est un autre exemple.
Comme Marcel, Bill Brazel Jr. est coupable d’avoir embelli son récit original, accuse Printy Au total on discrédite à la limite de la diffamation la crédibilité de militaires patriotes appartenant à l'élite de l'US Air Force en essayant ainsi de minimiser la portée de leurs témoignages désinteressés Comme Marcel, il ne fait à l’origine aucune mention des trous dans le sol mentionnés par la suite par d’autres personnes. Mais à mesure que se répandent des histoires au sujet de trous profonds où ont été récupérés les extraterrestres et leur vaisseau, les récits de Brazel changent si bien qu’à la fin des années 1980 il affirme: « Cette chose avait laissé une trace assez importante ici. Il a fallu un an ou deux pour que l’herbe revienne ».
Pour les sceptiques comme Gildenberg, les histoires de dissimulation et d’intimidations de témoins sont des tentatives artificielles pour minimiser un témoignage gênant, particulièrement celui de Mac Brazel. Son récit de 1947, pris au pied de la lettre, suggère des débris de ballons mal identifiés, affirment-ils.
Les ufologues argumentent que Brazel a été forcé de changer sa description des débris qu’il avait récupérés pour que les rapports selon lesquels les débris étaient ni plus ni moins qu’un ballon météo soient plus crédibles. De nombreuses déclarations de témoins évoquent Brazel en détention militaire. Mais, à l’inverse des témoignages dix ans plus tard, les sceptiques avancent des récits actuels qui parlent de l’arrivée de Mac Brazel à la conférence de presse non sous escorte militaire mais avec le journaliste W. E. Whitmore, dont la présence avec Mac Brazel a été confirmée par plusieurs autres témoins, y compris le fils de Whitmore qui se rappelle que Brazel était resté chez eux (p. 154) et le journaliste Jason Kellahin qui a affirmé que Whitmore était présent à la conférence de presse pendant laquelle il a « fait de son mieux pour garder Brazel en dehors de portée du reste de la presse » de manière à ce que son interview soit une exclusivité (p. 170). Parmi les témoignages utilisés pour suggérer que Brazel a subi des intimidations, un vient du rédacteur du Roswell Daily Record, Paul McEvoy, qui affirme que Brazel est arrivé avec une escorte militaire. Mais, souligne Printy, puisque son propre article affirme que Brazel est arrivé avec Whitmore, il semble que McEvoy a pu faire partie de l’opération de dissimulation.
En ce qui concerne les autres témoignages sur les menaces et les intimidations, Pflock dit « Il y a cinq, je dis bien cinq, personnes qui ont avancé de tels propos »(p. 171). Chacun de ces témoignages, affirme Pflock, « ne sont tout simplement pas crédibles », en particulier celui de Barbara Dugger, la petite-fille du Shérif Wilcox et de sa femme Inez. Elle affirme que sa grand-mère lui a raconté, des années après les évènements en question, qu’ils avaient été menacés de mort par l’armée s'ils parlaient de l’affaire à qui que ce soit. Mais la mère, le père et la tante de Dugger, qui étaient tous présents quand l’armée est venue voir ses grands-parents, n’ont jamais parlé à quiconque de ces menaces de mort.
Il a été dit que l’armée avait fait une descente chez tous les medias de Roswell et avait éliminé « le moindre papier qui mentionnait l’évènement. ». Mais cette affirmation, selon Pflock, ne vient que d’une seule source, le reporter Frank Joyce, et aucun employé d’une société de média, tel George Walsh, le patron de la station KSWS, qui a démenti cette histoire, ne se rappelle pas cette descente (p. 173).
Une autre histoire de « dissimulation » que les sceptiques comme Korff trouvent douteuse est celle du Colonel Thomas Dubose qui semble confirmer que les débris d’OVNI ont été échangés avec des pièces d’un ballon météo.
Dubose faisait partie de ceux qui ont posé avec les débris à Fort Worth en 1947. Printy affirme que, bien qu’un document qu’il ait signé confirme la thèse de la dissimulation, le document n’indique pas que les pièces ont été échangées. Pour Dubose, cela était évident qu’il y avait une dissimulation, mais dans le but de cacher un projet militaire secret (comme le Projet Mogul), non pour cacher la récupération d’un vaisseau extraterrestre qui s’était écrasé. Printy accuse les chercheurs de confondre les lecteurs en leur faisant croire que Dubose confirme la thèse de la dissimulation des pièces extraterrestres et de l’échange des débris en ne lui demandant pas directement ce qui était « dissimulé ». Plus tard, l’ufologue Jamie Shandera a demandé directement à Dubose si les débris avaient été échangés et il a nié de manière emphatique le fait qu’un échange avait eu lieu:
« Shandera: Deux ufologues (Kevin Randle and Donald Schmitt) affirment que les débris dans le bureau du Général Ramey ont été échangés et que vous aviez un ballon météo.
Dubose: Balivernes! Ces pièces n’ont jamais été échangées!
Shandera: Donc, vous êtes en train de me dire que ces pièces dans le bureau du Général Ramey étaient vraiment les pièces ramenées de Roswell?
Dubose: C’est absolument vrai.
Shandera: Est-il possible que le Général Ramey ou quelqu’un d’autre ait ordonné l’échange sans vous en informer?
Dubose:… J’étais là, et j’étais responsable de ces pièces, et elles n’ont jamais été échangées. »
Un autre argument de Gildenberg, Printy et beaucoup d’autres à porter contre la thèse de la dissimulation est le fait que l’armée a publié un communiqué de presse rendant publique la soucoupe volante qu’ils étaient censés dissimuler.