2001 : 3 550 649 passagers. C'est une baisse de 5% par rapport à l'année 2000. Les grands responsables de cette baisse à l'EuroAirport (tout comme dans le reste du monde) sont les attentats du 11 septembre.
2002 : 3 058 384 passagers. C'est encore une baisse qui est observée.
2003 : 2 489 676 passagers. C'est une nouvelle baisse de 19% cette fois-ci. Selon l'aéroport, elle est due à l'effet de la guerre en Irak, l'épisode de pneumonie atypique en Asie ainsi que l'annulation d'un grand nombre de vols au départ de Bâle de la compagnie Swiss International Airlines.
2004 : 2 549 127 passagers. Cette hausse de 2,4% s'explique par l'arrivée de six compagnies dont easyJet Switzerland.
2005 : 3 311 892 passagers. Une augmentation de 30% qui est le plus haut depuis 2002, le seuil des 3 millions ayant été redépassé le 18 novembre.
2006 : 4 016 409 passagers.
2007 : 4 269 124 de passagers soit une hausse de 6,3 % par rapport à 2006, ce qui conforte sa place de 5e régional en France et 3e en Suisse. L'activité sur Paris a baissé de 17 % avec 584 000 passagers, en raison de l'ouverture d'une première partie de la LGV Est européenne le 10 juin 2007.
2008 : 4 257 553 passagers.
2009 : 3 850 378 passagers. L'aéroport organise le 19ème congrès ALFA-ACI du 20/09/2009 au 03/10/2009 et reçoit 300 congressistes au Triangle de Huningue.
Destinations
Allemagne
Aéroport de Schönefeld Berlin : easyJet (22 vols/sem.)
Aéroport de Francfort-sur-le-Main : Lufthansa (27 vols/sem.)
Aéroport d’Hambourg : easyJet (7 vols/sem.)
Aéroport international Franz-Josef-Strauss de Munich : Lufthansa (38 vols/sem.)
Bulgarie
Aéroport de Burgas : AirVIA (1 vol/sem. en été)
Aéroport de Varna : Bulgarian Air Charter (1 vol/sem. en été)
Espagne
Aéroport Alacant/Alicante El Altet : easyJet (7 vols/sem.)
Aéroport international de Barcelone : easyJet (14 vols/sem.), Swiss (7 vols/sem.)
Aéroport international de Madrid-Barajas : easyJet (7 vols/sem.)
Aéroport de Malaga : easyJet (5 vols/sem.), Air Berlin (2 vols/sem. en été)
Baléares
Aéroport d’Ibiza : Air Berlin (2 vol/sem. en été)
Aéroport de Minorque : TUIfly (1 vol/sem. en été)
Aéroport Son Sant Joan de Palma de Majorque : TUIfly (7 vols/sem. en été), Air Berlin (8 vols/sem. en été), Hamburg Int. (2 vols/sem. en été), easyJet (13 vols/sem. en été), XL Airways (1 vol/sem. en été)
Canaries
Aéroport de Fuerteventura : TUIfly (1 vols/sem.)
Aéroport de Las Palmas (Grande Canarie) : TUIfly (2 vols/sem.), Air Berlin (1 vol/sem.)
Aéroport de Tenerife Sud-Reine Sofia : TUIfly (1 vol/sem.), Air Berlin (1 vol/sem.)
France
Aéroport d'Ajaccio : Air France (1 vols/sem. en été), easyJet (2 vols/sem. en été), Europe Airpost (1 vols/sem. en été)
Aéroport de Bordeaux - Mérignac : easyJet (4 vols/sem.)
Aéroport Lyon-Saint-Exupéry : Air France (16 vols/sem.)
Aéroport de Marseille Provence : Twin Jet (10 vols/sem.)
Aéroport Nantes Atlantique : easyJet (3 vols/sem. en été)
Aéroport Nice Côte d’Azur : easyJet (7 vols/sem.)
Aéroport de Paris Orly : Air France (36 vols/sem.)
Aéroport de Paris Roissy-Charles-de-Gaulle : Air France (27 vols/sem.)
Aéroport de Rennes - Saint-Jacques : Airlinair (6 vols/sem.)
Aéroport international de Corfu : Hello (1 vol/sem. en été), TUIfly (1 vol/sem. en été)
Aéroport international d’Heraklion : TUIfly (2 vols/sem. en été), Air Berlin (1 vol/sem. en été), XL Airways Germany (2 vol/sem. en été), Aegean Airlines (1 vol/sem. en été), Hello (1 vol/sem. en été)
Aéroport international de Kos : TUIfly (1 vol/sem. en été), Air Berlin (1 vol/sem. en été)
Aéroport international de Rhodes-Diagoras : TUIfly (1 vol/sem. en été), XL Airways Germany (1 vol/sem. en été), Air Berlin (1 vol/sem. en été)
Aéroport international de Thessaloniki : easyJet (3 vol/sem. en été)
Italie
Aéroport international de Lamezia Terme : Air Berlin (1 vol/sem. en été)
Aéroport international de Naples : easyJet (3 vols/sem.)
Aéroport de Rimini : Air Berlin (1 vols/sem. en été)
Aéroport Léonard-de-Vinci de Rome Fiumicino : easyJet (7 vols/sem.)