Deux prototypes, le premier [I-NOVE] prenant l’air le 12 aout 1976, suivi le 20 mai 1977 du second.
Version de série de base, destinée à l'entrainement, dont le premier exemplaire a volé le 20 juillet 1978. 109 exemplaires ont été livrés à l'AMI, qui a reçu son premier exemplaire le 9 août 1979. 19 ont été modifiés en MB-339PAN, 8 en MB-339RM. 7 MB-339A ont également été vendus à Dubaï et 4 au Ghana.
10 MB-339A livrés à l'Argentine pour le Comando Aeronaval.
13 MB-339A achetés par la Malaisie.
12 MB-339A vendus au Nigeria.
16 MB-339A destinés au Pérou.
19 MB-339A modifiés pour équiper la patrouille accrobatique Frecce Tricolori, le sigle PAN signifiant Pattuglia Aerobatica Nazionale (Patrouille acrobatique nationale) : montage d’un générateur de fumée, suppression des réservoirs en bout d’aile pour faciliter le vol en formation serrée. Les Frecce Tricolori utilisent cet avion depuis 1982.
8 MB-339A ont été modifiés en avions de calibration et de guerre électronique (RM = Radiomisure) pour l’AMI .
En 1983 un biplace fut modifié pour recevoir un réacteur plus puissant, le Viper 680-43 de 1995 kgp dans le cadre du programme MB-339K.
Evolution biplace d’attaque au sol du MB-339A avec une avionique modernisée, un radar de veille monté à mi-hauteur de la dérive, un réacteur Viper 680-43 et les réservoirs de bout d’aile agrandis du MB-339K. Cet appareil qui peut emporter des missiles air-sol Maverick, des bombes à guidage laser ou des missiles air-air Sidewinder a fait l’objet de contrats d’exportation décrits ci-dessous. Un MB-339C fut testé comme MB-339AM avec un missile anti-navire de surface OTO Melara Marte Mk II, mais aucun client ne s’est manifesté.
14 MB-339C pour la Nouvelle-Zélande.
L’Érythrée a obtenu la livraison de 6 MB-339C.
Le 24 avril 1996 eut lieu le premier vol de cette version du MB-339C spécialement développée pour l’AMI avec un tableau de bord numérique (D = digital) et un équipement affichage tête haute (HUD ou head-up display). 15 exemplaires ont été livrés à l’AMI entre la fin 1996 et 1998 pour assurer la transition des pilotes vers les avions de combat les plus modernes, comme l'Eurofighter 2000. En septembre 2006 la Malaisie a passé commande de 8 MB-339CD.
Version export du MB-339CD, commandée en 1998 par le Venezuela.
Monoplace d’attaque au sol dont un démonstrateur fut construit sur fonds privés. Cet appareil qui a volé le 30 mai 1980 était équipé de 2 canons DEFA-553 de 30 mm et de réservoirs en bout d’aile agrandis. Le réacteur Viper 632-43 fut remplacé durant les essais par un Viper 680-43 mais aucune vente ne fut enregistrée.
Associé avec Lockheed, Aermacchi a proposé à l’USAF et l’US Navy, dans le cadre du programme JPATS (Joint Primary Air Training System), un appareil équipés des réservoirs de bout d’aile agrandis, d’un réacteur Rolls-Royce RB582 de 1815 kgp et d’un cockpit entièrement nouveau. On sait que c’est le Pilatus/Raytheon T-6 Texan II qui a été sélectionné.