En Inde, l'utilisation de l'acupuncture est mentionnée il y a environ 5 000 ans dans l'Ayurveda (traité de médecine ayurvédique) et elle reste utilisée de nos jours en médecine traditionnelle indienne.
Plus d’un millénaire avant la Chine, on trouve en Égypte antique une description de conduits parcourant le corps et transportant divers fluides (sang, eau, air, mucus...). C'était les ruptures d’équilibre entre ces fluides qui pouvaient être la cause de maladies. Aux alentours de 1534 avant JC, le papyrus Ebers (Eber 854a), visible au British Museum, donne une représentation de canaux (appelés metu) dans lesquels circulent divers fluides
Les Chinois ont l’habitude de considérer que la valeur d’une pratique culturelle se juge à son ancienneté. Se placer sous l’autorité d’un maître ancien, fut-il mythique, ou d’une tradition de plus de 5000 ans, est le garant du sérieux et de la respectabilité de la démarche. « Sans fouler de traces, on ne saurait parvenir jusque dans la pièce » dit le Maître (Entretiens XI, 19). Le penseur chinois revendique donc ouvertement une tutelle et fuit tout ce qui pourrait ressembler à l’autonomie de pensée chère aux philosophes européens.
Le désir d’inscrire l’acupuncture dans une filiation très ancienne a fait considérer que l’existence d’instruments affûtés à l’âge de pierre ou d’aiguilles d’os ou de bambou sous les Zhou (-1045 → -256) sont des preuves de l’ancienneté de cette pratique même si ces aiguilles ne servaient qu’à tenir les cheveux ou à drainer le pus des abcès.
La découverte en 1973 de 14 documents médicaux dans une tombe nouvellement fouillée à Mawangdui 马王堆 dans le Hunan a permis de complètement revoir l’histoire de la médecine chinoise. Actuellement les spécialistes de ces textes établissent la chronologie suivante :
L'acupuncture aurait été introduite en Europe au XVIIe siècle par Willem Ten Rhyne, médecin hollandais de la Compagnie des Indes (1679) qui l'aurait découverte à Nagasaki au Japon où il séjourna pendant deux ans, ainsi que par Kæmpfer. Un siècle plus tard, Dujardin et Vicq d'Azyr relatent le procédé dans leurs ouvrages respectifs. Cependant, il semble que ce soit Louis Berlioz, père du compositeur qui, le premier, en ait tenté la pratique en France (1810), imité ensuite par de nombreux médecins. À partir de 1853, le consul Dabry participe à sa diffusion en Europe, mais ce n'est vraiment qu'à partir de 1927 qu'elle va devenir populaire grâce aux travaux du sinologue George Soulié de Morant.
L'acupuncture fut interdite en 1822 par l'empereur chinois et supprimée du programme du Collège médical impérial. Mais elle survivra.
Mao Zedong essaiera lui aussi d'éliminer cette pratique - à cause de ses fondements taoïstes incompatibles avec l'idéologie marxiste - avant de la réhabiliter.
De nos jours, l'acupuncture occupe en Chine une large place dans la médecine pour un vaste éventail de pathologies, notamment dans les hôpitaux dont certains se sont vus transformés en hauts lieux touristiques. De colossales expériences ont été entreprises, pas toujours en accord avec les principes traditionnels orthodoxes, aboutissant à la multiplication des points situés hors méridiens, et à l'avènement de nouvelles techniques telles que l'analgésie par acupuncture.
Taïwan, où ont pu trouver refuge ceux des maîtres acupuncteurs qui ont échappé aux purges de Mao lors de son arrivée au pouvoir, reste un des hauts-lieux de l'acupuncture traditionnelle.
Un consul français en Chine, George Soulié de Morant (1878-1955), étudia l'acupuncture durant son long séjour dans l'Empire du Milieu, et publia lors de son retour en France un imposant traité qui fait toujours référence de nos jours.