Les premières communautés chrétiennes connues consistaient en des groupes de cellules ou de huttes regroupées autour d'un lieu commun, en général la maison d'un ermite ou d'un anachorète réputé pour sa sainteté ou son ascétisme solitaire, mais sans aucune organisation préalable. Ce type de communauté n'est pas une invention du christianisme : on connaît des exemples antérieurs chez les Esséniens en Judée ou en Égypte.
À l'aube du monachisme chrétien, les ascètes vivaient généralement à plusieurs, dans la pauvreté, non loin d'un village et de l'église locale, subsistant par leur propre travail et distribuant le surplus aux pauvres. La ferveur religieuse, favorisée par les persécutions, a conduit nombre d'entre eux un peu plus à l'écart de la civilisation, dans les montagnes ou au fond des déserts. Dès lors, les déserts d'Égypte, notamment celui de la Thébaïde, ont littéralement fourmillé de cellules ou de huttes habitées par ces anachorètes.
Saint Antoine, retiré dans le désert égyptien pendant la persécution de Maximien (en 312), était le plus admiré d’entre eux pour son austérité, sa sainteté et son pouvoir d'exorciste. Sa renommée a attiré auprès de lui un grand nombre de disciples imitant son ascétisme afin d'approcher la sainteté de leur maître. Plus il se repliait dans une région reculée et sauvage, et plus des disciples affluaient. Ils refusaient de se séparer de leur maître et construisaient leurs huttes autour de celle de leur père spirituel. C'est ainsi que naquit la première communauté monastique, composée d'anachorètes vivant chacun dans leur propre maison, tous unis sous la direction d'un seul. Comme le remarque Neander dans son Histoire de l'Église,
Le vrai fondateur du mode de vie cénobitique (de koinos qui signifie « en commun » et bios qui signifie « vie ») dans son sens moderne est saint Pacôme, un Égyptien du début du IVe siècle siècle. La première communauté qu'il établit se trouvait à Tabennae, une île sur le Nil. Il fonda huit autres monastères dans la région au cours de sa vie, totalisant 3 000 moines. Cinquante ans après sa mort, ils revendiquaient 50 000 membres. Ces entités rassemblaient des villages peuplés par des communautés religieuses d'un seul sexe et fondées sur le travail.
Les bâtiments étaient indépendants, humbles et de petite taille. Selon Sozomène, chaque cellule contenait trois moines. Ils prenaient leur repas dans un réfectoire commun ou dans une salle à manger à 15 heures, heure jusqu'à laquelle ils restaient à jeun. Ils mangeaient en silence, avec leurs capuches si baissées sur leur visage qu'ils ne pouvaient voir rien d'autre que la table au-dessous d'eux. Les moines ne passaient pas leur temps à célébrer des offices religieux ou à étudier les textes : leurs journées étaient essentiellement consacrées au travail manuel. Vers le IVe siècle, Palladius, en visite dans les monastères égyptiens, trouva environ 300 membres à Panopolis sous la règle de Pacôme, quinze tailleurs, sept forgerons, douze conducteurs de chameaux et quinze tanneurs. Chaque communauté séparée avait son propre oeconomus (économe ou intendant) résidant dans l'établissement principal. Tout le produit du travail des moines lui était confié, puis envoyé à Alexandrie. L'argent récolté par la vente de ces produits permettait d'acheter des boutiques destinées à soutenir financièrement la communauté, les richesses en trop étant distribuées à des fins charitables. Les supérieurs des différents coenobia se rencontraient deux fois par an au monastère principal, sous la présidence d'un archimandrite (« le chef du troupeau », de miandra qui signifie « berger »). Ils devaient en outre, lors de la dernière réunion annuelle, faire le rapport de leur gestion pour l'année passée. Le coenobia de Syrie appartenait à l'institution pâcomienne.
Nous avons appris beaucoup de détails concernant les communautés situées dans les environs d'Antioche grâce aux écrits de saint Jean Chrysostome. Les moines y vivaient dans des huttes séparées, les kalbbia, formant un hameau sur les pentes de la montagne. Sujets d'un abbé, ils observaient la règle commune (ils n'avaient pas de réfectoire, mais ils consommaient une nourriture commune limitée à du pain et de l'eau à la fin de la journée de travail, allongés sur de la paille, parfois devant leurs portes). Ils ne se rejoignaient que quatre fois par jour pour prier et réciter des psaumes.
Dans l'Europe occidentale, le monachisme fait son apparition à partir du delta du Rhône : Marseille, îles de Lérins, Arles, et remontera dans le couloir Rhodanien. De nombreuses figures encore très populaires, ne serait-ce que dans les noms de localités marquent ce monachisme : saint Martin de Tours, évêque de Tours, saint Césaire d'Arles… Ces personnages sont caractéristiques de la première période du monachisme où les abbés les plus fameux devenaient évêques, portant par là-même l'abbaye idéale au rang de modèle tant dans l'architecture que dans la morale, ou la discipline du clergé séculier, c'est-à-dire les prêtres des paroisses. À dater de cette période, les évêques et les abbés sont représentés avec les mêmes attributs : crosse épiscopale, mitre, anneau, et croix pectorale.
Le monachisme se divise dès l'apparition des règles de l'Irlandais saint Colomban, et de saint Benoît entre monachisme latin et monachisme oriental. Chaque abbaye, selon sa règle, est porteuse d'une architecture, d'un coutumier, et d'une filiation qui la relie à l'abbaye dont sont issus les moines qui l'ont fondée, et aux abbayes fondées par les moines qu'elle a formé. Ainsi, peu à peu, un tissu monastique fait de solidarité entre les abbayes prend corps, avec en plus de la solidarité, l'autonomie économique comme principe normatif pour chaque abbaye. Dès lors, les abbayes deviennent des foyers économiques autour desquels se regroupent des populations.
Sur ce schéma cependant, peu de variétés viennent se greffer. Mais un vent de réforme et une nécessité de clarifier le statut juridique des personnes amènent, en 1215, le IVe concile du Latran, à réduire à cinq le nombre de règles des instituts religieux. Les nouveaux ordres religieux doivent se greffer sur ces règles pré-existantes. Désormais, les ordres religieux se distinguent en deux : les ordres monastiques, avec à leur tête un abbé, qui vivent dans un monastère, devenu synonyme d'abbaye; les autres ordres religieux, qui résident en des couvents.
Lorsqu'ils s'agit de chanoines, (prémontrés, victorins), un couvent peut porter le nom de monastère. Dans les ordres mendiants (dominicains, franciscains, minimes), ou apostoliques (Jésuites), les lieux de résidence se nomment couvent, car ces ordres n'ont pas d'abbé. Le symbole de la mitre et de la crosse qui est parfois porté par des membres de ces ordres est dans ce cas le symbole de leur élévation à l'épiscopat (cf supra). Le nom de monastère donné à leurs lieux de résidence indique une occupation monastique précédente, reprise par ces ordres mendiants et apostolique, en conservant le nom d'usage. Pour toute l'histoire du monachisme et des abbayes en Europe Occidentale, la date de 1215 est capitale : elle fige les modèles juridiques, architecturaux, théologiques et sociologiques.