[News] Coronavirus: l’intelligence artificielle traque l’ennemi jusque dans ses gènes

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Adrien
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[News] Coronavirus: l’intelligence artificielle traque l’ennemi jusque dans ses gènes

Message par Adrien » 27/03/2020 - 9:00:16

L’équipe de Julie Hussin, composée d’une dizaine de chercheurs en bio-informatique, s’attaque à la caractérisation génétique du coronavirus responsable de la COVID-19. Des chercheurs montréalais en bio-informatique utiliseront l’intelligence artificielle pour tracer le profil génétique du coronavirus responsable de la pandémie actuelle. «Depuis son apparition en Chine, le virus a connu une évolution que nous devons comprendre pour mettre au point un vaccin ou des traitemen...

protagoras

Re: [News] Coronavirus: l’intelligence artificielle traque l’ennemi jusque dans ses gènes

Message par protagoras » 28/03/2020 - 17:10:08

Adrien a écrit :
27/03/2020 - 9:00:16
L’équipe de Julie Hussin, composée d’une dizaine de chercheurs en bio-informatique, s’attaque à la caractérisation génétique du coronavirus responsable de la COVID-19.

Des chercheurs montréalais en bio-informatique utiliseront l’intelligence artificielle pour tracer le profil génétique du coronavirus responsable de la pandémie actuelle. «Depuis son apparition en Chine, le virus a connu une évolution que nous devons comprendre pour mettre au point un vaccin ou des traitements personnalisés», explique Julie Hussin, professeure à la Faculté de médecine de l'Université de Montréal, dont le laboratoire à l’Institut de cardiologie de Montréal (ICM) vient d’être mobilisé dans cette bataille sans précédent.

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Les chercheurs mèneront des analyses en s'appuyant notamment sur leurs expertises en génétique des populations, génétique statistique et apprentissage profond. Crédit: Getty
En collaboration avec le chercheur Jean-Claude Tardif, de l’ICM, qui a lancé cette semaine l’étude COLCORONA, destinée à tester un médicament contre les effets du nouveau coronavirus auprès de 6000 patients canadiens atteints de la COVID-19, la professeure Hussin et ses collègues mettront toute leur énergie à traquer l’ennemi jusque dans ses gènes. «L’image la plus appropriée est celle d’un arbre dont la base du tronc est le premier virus passé de la chauve-souris à l’humain, illustre-t-elle. Depuis, il a connu de multiples mutations qui donnent naissance à de nouvelles versions formant autant de branches. Nous tenterons d’en donner le tableau le plus exact possible à partir de l’ARN recueilli directement des souches vivantes dans différentes parties du globe et notamment au Québec.»

S’appuyant sur leurs expertises en génétique des populations, génétique statistique et apprentissage profond (deep learning) et en vertu de leurs collaborations avec Mila (Institut québécois d'intelligence artificielle) et la jeune pousse InVivo AI, les chercheurs mèneront des analyses des séquences virales à divers stades de leur évolution.

Comme il est indiqué dans la description du projet de recherche, on ciblera des indices associés à des régions géographiques où des malades ont été déclarés positifs à la COVID-19. «Plus précisément, nous nous intéressons aux interactions virus-hôte des souches du virus qui peuvent affecter les humains différemment selon leur ethnicité, leur sexe, leur âge, leurs comorbidités, les médicaments prescrits et leur profil génétique», peut-on lire. De telles connaissances sont essentielles pour comprendre comment l'épidémie évolue et pour concevoir des solutions thérapeutiques.

Des bio-informaticiens prêts

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Julie Hussin Crédit: IVADO
Comme son nom l’indique, la bio-informatique cherche à résoudre des problèmes biologiques par des calculs informatiques. Comme un virus est un organisme vivant, les bio-informaticiens estiment pouvoir préciser sa composition génétique et ses différentes mutations à l’aide de puissants ordinateurs. On ne peut rien conclure pour l’instant, mais le virus est l’objet d’une attention mondiale dans des milliers de laboratoires spécialisés.

Les membres du laboratoire de la professeure Hussin se sont d’abord plongés dans l’abondante littérature scientifique portant sur la COVID-19, qui se compte déjà par dizaines d’articles; pas moins de 400 ont été publiés sur le génome des coronavirus. «De nombreuses équipes chinoises se sont concentrées sur ce coronavirus et ont diffusé leurs résultats dans un temps record. Cela nous est très utile, mais nous devons amorcer des recherches de façon plus large, car ces études sont souvent limitées à une ou deux mutations.»

Un virus efficace

Dans un sens, ce nouveau coronavirus fascine les chercheurs par l’efficacité de son mode de propagation. En quelques mois, il s’est étendu à une bonne partie des nations et continue de progresser. Un très grand nombre de paires de bases qui composent son ADN ont déjà muté. Répondant au processus de la sélection naturelle, les mutations les mieux adaptées survivent et se propagent à leur tour, rendant potentiellement le virus encore plus efficace...

Ce processus constitue justement le champ de recherche de Julie Hussin, qui a réalisé sa maîtrise avec Damian Labuda sur les processus de sélection naturelle des populations humaines et qui s’est spécialisée par la suite avec Philip Awadalla sur d’autres aspects de l’évolution du génome en lien avec la santé humaine. Originaire de Belgique, la chercheuse a effectué ses études postdoctorales à l’Université d’Oxford, en Angleterre, avant d’accepter un poste au Département de médecine de l’Université de Montréal en 2017. Elle est également professeure membre de l’Institut de valorisation des données (IVADO) et chercheuse boursière junior 1 du Fonds de recherche du Québec‒Santé à l’Institut de cardiologie de Montréal.

Elle donne actuellement le cours Génétique des populations et épidémiologie à la Faculté de médecine. Ses travaux sont financés par l’IVADO, Génome Québec et divers organismes internationaux.

Source: Université de Montréal
Mon propos est étranger au coronavirus pour la raison évidente que la virologie m'est complètement étrangère et que je ne parle que de choses que je connais.
Cela dit, je m'insurge contre l'expression "intelligence artificielle" employée à tort et à travers !
Il ne s'agit que de logiciels assez sophistiqués appelés naguère "Systèmes experts et où il n'y a pas une once d'intelligence, même rudimentaire, sauf celle dont on fait preuve les auteurs de ces logiciels !
Cette dérive sémantique est hélas générale : "problématique" pour "problème", "fonctionnalité" pour fonction" etc.

Victor
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Re: [News] Coronavirus: l’intelligence artificielle traque l’ennemi jusque dans ses gènes

Message par Victor » 28/03/2020 - 17:39:27

Bof tu sais parfois, dans les citations soient disant scientifiques sur le site
c'est parfois du n'importe quoi ! Le pire c'est de voir des noms associés
en général se sont des propos médiatiques qui ne peuvent être vérifiés
En ce qui concerne la recherche en sciences, Je dirais : Cherche encore !

protagoras

Re: [News] Coronavirus: l’intelligence artificielle traque l’ennemi jusque dans ses gènes

Message par protagoras » 29/03/2020 - 7:15:35

Victor a écrit :
28/03/2020 - 17:39:27
Bof tu sais parfois, dans les citations soient disant scientifiques sur le site
c'est parfois du n'importe quoi ! Le pire c'est de voir des noms associés
en général se sont des propos médiatiques qui ne peuvent être vérifiés
Oui, c'est vrai.
Mais l'expression "intelligence artificielle" donne une fausse valeur à ce à quoi elle est appliquée et trompe les gens peu au courant.
C'est pourquoi il faut insister sur un point important : L'intelligence artificielle n'existe pas !
On n'est même pas capable de discourir librement avec un ordinateur et cela suffit pour prouver que cet ordinateur ne peut comprendre ce qu'il fait et qu'il est donc incapable de prendre seul un décision !
Être intelligent c'est être conscient. Et, de plus, conscient de quelque chose, donc du vécu influencé par l'environnement. En quoi un ordinateur pourrait il être conscient de son environnement ?
Enfin, la logique d'un ordinateur n'est pas plus riche que celle d'une simple machine de Turing !
Bref, je ne crois pas à cette prétendue intelligence artificielle qui, en fait, est uniquement celle du concepteur du logiciel, logiciel qualifié abusivement d'intelligent.

Pour ce qui concerne les automates cellulaires simulant des réseaux de neurones (qui ne sont pas des ordinateurs !), je réserve mon jugement

protagoras

Re: [News] Coronavirus: l’intelligence artificielle traque l’ennemi jusque dans ses gènes

Message par protagoras » 31/03/2020 - 14:06:48

alfred47 a écrit :
31/03/2020 - 10:46:32
Bonjour à tous
Oui, vous êtes serrés, il reste encore trop de temps pour développer l'IA mais je pense que d'une certaine manière, de nouveaux neuroordinateurs pourraient être la réponse.
Ils ne font rien, mais ils analysent et créent quelque chose et les gens doivent juste trouver comment l'utiliser
Bonjour,
Le sujet "intelligence artificielle " est un sujet trop vaste et beaucoup trop compliqué pour être traité en quelques lignes.
De plus, un minimum de connaissances est exigé pour le traiter sérieusement.
Tout d'abord, avoir un bon savoir de l'informatique théorique et aussi en logique mathématique rien que pour démontrer qu'il est illusoire d'espérer une intelligence artificielle à un ordinateur aussi puissant soit il. L'ordinateur le plus puissant d'aujourd'hui effectue 200 millions de milliards d'opérations arithmétiques à la seconde. Et bien cet ordinateur n'est pas LOGIQUEMENT plus puissant qu'un ordinateur des débuts qui se "traînait" à la vitesse de quelques milliers de telle opérations par seconde !
Il faut aussi comprendre l'argument clé du célèbre mathématicien/physicien britannique Roger Penrose (qui fut le directeur de thèse de Stephen Hawking) et qui démontre que la pensée n'étant pas algorithmique rend vaine toute recherche en intelligence artificielle sur les ordinateurs.
De nouveaux concepts tels que les réseaux de neurones constituent ils un quelconque espoir ?
Certainement pas dans un avenir immédiat si tant est que ce soit un jour réalisable !
En effet, un attribut de l'intelligence est l'aptitude à prendre des décisions. Mais pour prendre une décision il faut non seulement COMPRENDRE le pourquoi de cette décision et, en plus, en être CONSCIENT !
Comment faire naître la conscience dans une machine aussi sophistiquée soit elle alors que nous ignorons ce qu'est cette conscience ?
Sans parler du fait que nous prenons souvent des décisions en fonction de notre environnement, environnement que nous percevons à l'aide de nos cinq sens.
Certains voient dans la vitesse d'exécution des ordinateurs une sorte de supériorité intellectuelle arguant du fait que l'ordinateur fait ce que nous sommes incapables de faire nous mêmes. Par exemple inverser une matrice d'ordre cent !
Vu sous cet angle, alors un thermomètre est plus intelligent que nous car il nous donne la température ambiante exacte alors que nous en sommes incapables à l'aide de nos sens !
Un conseil si je puis me permettre : Lorsque vous entendez ou lisez l'expression "intelligence artificielle", traduisez la tout simplement par "logiciel" en pensant que c'est un informaticien qui l'a créé !.
Merci de votre attention.

N.B. J'ai oublié un "petit" détail : Roger Penrose a de bons arguments pour soutenir que la pensée passe par des phénomènes quantiques dans les microtubules que l'on trouve dans l'axone des neurones, ce qui, on en conviendra, ne simplifie pas les choses ...

Pendesinialessandro
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Re: [News] Coronavirus: l’intelligence artificielle traque l’ennemi jusque dans ses gènes

Message par Pendesinialessandro » 31/03/2020 - 18:29:23

Bonjour
.....N.B. J'ai oublié un "petit" détail : Roger Penrose a de bons arguments pour soutenir que la pensée passe par des phénomènes quantiques dans les microtubules que l'on trouve dans l'axone des neurones, ce qui, on en conviendra, ne simplifie pas les choses.....

Roger Penrose, s’adressant à un public cultivé, mais qui n’est pas en mesure d’être critique, il va trop loin en écrivant, dans The Emperor’s New Mind, qu’il est, par exemple, « possible de concevoir quelques relations entre l’unité de la conscience et le parallélisme quantique » ou encore que « les neurones sensibles à un quantum unique jouent un rôle important dans les profondeurs du cerveau ». Après avoir suggéré « qu’un état mental puisse être « apparenté » (Akin) à un état quantique, oubliant la gigantesque différence de niveau d’organisation existant entre l’électron et le cerveau....

D'autres auteurs, pensent que des effets quantiques pourraient jouer un rôle important dans la conscience, ce qui remettrait fortement en question la thèse de Ruse (qui dit que la liberté de l’homme n’est qu’une illusion, toute sa pensée n’est qu’un jeu de mécanismes). Je n’adhère cependant pas cette vision car je pense au contraire, preuve à l’appui, que la mécanique quantique n’a rien à voir avec le problème en discussion. :non:

protagoras

Re: [News] Coronavirus: l’intelligence artificielle traque l’ennemi jusque dans ses gènes

Message par protagoras » 01/04/2020 - 7:57:03

Pendesinialessandro a écrit :
31/03/2020 - 18:29:23
Bonjour
.....N.B. J'ai oublié un "petit" détail : Roger Penrose a de bons arguments pour soutenir que la pensée passe par des phénomènes quantiques dans les microtubules que l'on trouve dans l'axone des neurones, ce qui, on en conviendra, ne simplifie pas les choses.....

Roger Penrose, s’adressant à un public cultivé, mais qui n’est pas en mesure d’être critique, il va trop loin en écrivant, dans The Emperor’s New Mind, qu’il est, par exemple, « possible de concevoir quelques relations entre l’unité de la conscience et le parallélisme quantique » ou encore que « les neurones sensibles à un quantum unique jouent un rôle important dans les profondeurs du cerveau ». Après avoir suggéré « qu’un état mental puisse être « apparenté » (Akin) à un état quantique, oubliant la gigantesque différence de niveau d’organisation existant entre l’électron et le cerveau....

D'autres auteurs, pensent que des effets quantiques pourraient jouer un rôle important dans la conscience, ce qui remettrait fortement en question la thèse de Ruse (qui dit que la liberté de l’homme n’est qu’une illusion, toute sa pensée n’est qu’un jeu de mécanismes). Je n’adhère cependant pas cette vision car je pense au contraire, preuve à l’appui, que la mécanique quantique n’a rien à voir avec le problème en discussion. :non:
Bonjour,
Depuis la date de publication du livre de Penrose que vous citez, il a coulé beaucoup d'eau sous les ponts de la Tamise !
C'est aux arguments qu'il développe dans son dernier ouvrage : "Les ombres de l'esprit" sous-titré : "A la recherche d'une science de la conscience" qu'il faudrait faire porter vos arguments.
Vous dîtes :"je pense au contraire, preuve à l’appui, que la mécanique quantique n’a rien à voir avec le problème en discussion. "
Je suis impatient de lire ces preuves. (Bien entendu, en donnant au mot "preuve" l'autorité dont il jouit chez les scientifiques !)
Enfin, le principal de mon texte ne se trouve pas dans une note ajoutée en bas de page même si cette note revêt une certaine importance.
Bonne journée.

Pendesinialessandro
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Re: [News] Coronavirus: l’intelligence artificielle traque l’ennemi jusque dans ses gènes

Message par Pendesinialessandro » 01/04/2020 - 12:01:45

Hello
Roger Penrose, affirme que seule la mécanique quantique peut rendre compte de la conscience et du libre arbitre. Penrose, aux côtés de l’anesthésiste Stuart Hameroff, défend l’idée que le cerveau est un ordinateur quantique. Selon eux, au cours de son évolution, le cerveau humain serait parvenu à exploiter une propriété fondamentale des systèmes quantiques : la superposition des états quantiques. Cela lui permettrait d’explorer un nombre gigantesque d’hypothèses en un temps limité et expliquerait, on ne sait pas trop comment !, la faculté des mathématiciens à déjouer les complexités du théorème de Gödel. Ces propositions baroques ne reposent toutefois pas sur la moindre donnée de neurobiologie ou de sciences cognitives !
Je ne nie pas qu’il faille expliquer l’intuition du libre arbitre, cette impression que nous partageons tous que notre esprit prend ses décisions en toute liberté et sans contrainte. Cependant, la physique quantique n’est d’aucun secours. La plupart des physiciens s’accordent à penser que le milieu humide et chaud dans lequel s’ébattent nos neurones est incompatible avec le calcul quantique, car celui-ci nécessite des températures extrêmement basses afin d’éviter la dissipation ultrarapide de la cohérence quantique. L’échelle de la femtoseconde (10-15 seconde) qui régit la décohérence des états quantiques est également sans commune mesure avec le temps qu’il nous faut pour prendre conscience d’un aspect du monde extérieur (de l’ordre d’un tiers de seconde). Enfin, même si on découvrait des phénomènes quantiques dans le cerveau, leur caractère strictement imprévisible ne permettrait pas d’expliquer notre conception (même si illusoire) du libre arbitre.
NB -Comme l’a bien montré le philosophe Daniel Dennett, l’aléatoire pur ne confère à nos cerveaux « aucune forme valable de liberté » (any kind of freedom worth having). Souhaitons-nous vraiment que nos corps soient secoués de mouvements aléatoires et incontrôlables engendrés au niveau subatomique, qui rapprocheraient nos décisions des convulsions et des tics des patients souffrant du syndrome de Gilles de La Tourette, ou la fameuse « danse de Saint-Guy » ? Rien n’est plus éloigné de notre conception de la liberté. La maladie de Tourette ne rend pas libre, bien au contraire. Jamais un coup de dés n’engendrera d’esprit libre…Devrions-nous lui donner tort ? ;)
Bien à vous

protagoras

Re: [News] Coronavirus: l’intelligence artificielle traque l’ennemi jusque dans ses gènes

Message par protagoras » 01/04/2020 - 14:57:45

Pendesinialessandro a écrit :
01/04/2020 - 12:01:45
Hello
Roger Penrose, affirme que seule la mécanique quantique peut rendre compte de la conscience et du libre arbitre. Penrose, aux côtés de l’anesthésiste Stuart Hameroff, défend l’idée que le cerveau est un ordinateur quantique. Selon eux, au cours de son évolution, le cerveau humain serait parvenu à exploiter une propriété fondamentale des systèmes quantiques : la superposition des états quantiques. Cela lui permettrait d’explorer un nombre gigantesque d’hypothèses en un temps limité et expliquerait, on ne sait pas trop comment !, la faculté des mathématiciens à déjouer les complexités du théorème de Gödel. Ces propositions baroques ne reposent toutefois pas sur la moindre donnée de neurobiologie ou de sciences cognitives !
Je ne nie pas qu’il faille expliquer l’intuition du libre arbitre, cette impression que nous partageons tous que notre esprit prend ses décisions en toute liberté et sans contrainte. Cependant, la physique quantique n’est d’aucun secours. La plupart des physiciens s’accordent à penser que le milieu humide et chaud dans lequel s’ébattent nos neurones est incompatible avec le calcul quantique, car celui-ci nécessite des températures extrêmement basses afin d’éviter la dissipation ultrarapide de la cohérence quantique. L’échelle de la femtoseconde (10-15 seconde) qui régit la décohérence des états quantiques est également sans commune mesure avec le temps qu’il nous faut pour prendre conscience d’un aspect du monde extérieur (de l’ordre d’un tiers de seconde). Enfin, même si on découvrait des phénomènes quantiques dans le cerveau, leur caractère strictement imprévisible ne permettrait pas d’expliquer notre conception (même si illusoire) du libre arbitre.
NB -Comme l’a bien montré le philosophe Daniel Dennett, l’aléatoire pur ne confère à nos cerveaux « aucune forme valable de liberté » (any kind of freedom worth having). Souhaitons-nous vraiment que nos corps soient secoués de mouvements aléatoires et incontrôlables engendrés au niveau subatomique, qui rapprocheraient nos décisions des convulsions et des tics des patients souffrant du syndrome de Gilles de La Tourette, ou la fameuse « danse de Saint-Guy » ? Rien n’est plus éloigné de notre conception de la liberté. La maladie de Tourette ne rend pas libre, bien au contraire. Jamais un coup de dés n’engendrera d’esprit libre…Devrions-nous lui donner tort ? ;)
Bien à vous
Bonjour,
Et tout d'abord, un grand merci pour votre réponse. C'est rare !
Mais vous n'avancez aucune PREUVE, seulement des opinions à partir de données justes mais, de nos jours, incomplètes.
Je ne vois pas ce que vient faire les théorèmes d'incomplétude de Kurt Gödel ! Leur démonstration n'est certes pas simples mais il n'est nul besoin d'être un génie pour en comprendre la complexité !
De plus, on met Gödel à toutes les sauces alors que ses théorèmes ne traitent que de la théories des nombres et assimilées.
Ce que démontre Gödel est que le système d'axiomes de la théorie des nombres devrait être en nombre infini pour que cette théorie soit complète. C'est tout !
Reste un problème qui est bel et bien là : La décohérence, principal obstacle à la conception du calculateur quantique, sans même aller jusqu'à évoquer l'ordinateur quantique !
En effet, au problème posé par la décohérence, il faut ajouter le fait qu'un calculateur quantique à n qbits fournit 2 puissance n (2^n) résultats auxquels sont associées des probabilité de vraisemblance. Si un calculateur quantique fonctionne avec 10 qbits seulement, il donne donc 2^10 résultats et on choisit le résultat qui présente la plus haute probabilité. De plus, la somme de ces 2^n probabilités doit être égale à 1. C'est dire combien il est difficile de faire un choix car plusieurs probabilités parmi les plus élevées ont des valeurs très voisines.
Je sais qu'il a été trouvé des correcteurs d'erreurs mais j'ignore comment ils fonctionnent.

Cette décohérence se produit en temps variables dépendant d'un certain environnement et de paramètres qui ne sont pas tous connus. Il est donc prématuré de nier l'existence de phénomènes quantiques à faible durée de vie dans les microtubules. Cela dit, j'avoue n'avoir aucune connaissance dans les neurosciences et me déclare tranquillement incompétent en ce domaine.
Mais je crois personnellement, donc peu de valeur, que Roger Penrose dans ses derniers travaux et sans résoudre le problème, propose des pistes de recherches qui devraient retenir l'attention des spécialistes. L'ennui, et qu'il n'existe peut-être pas de scientifiques à la fois maîtrisant la neurologie et la mécanique quantique et peut-être aussi quelques autres disciplines…
Pour finir, je signale que la théorie de la décohérence est très complexe, je m'en suis aperçu naguère en étudiant l'ouvrage technique du physicien français Roland Omnes intitulé : The 'Interpretation of the Quantum Mechanics" publié par Princeton University Press.
Par exemple, il a fallu créer un nouvel outil mathématique appelé "Calcul pseudo-différentiel" par les mathématiciens et "Analyse micro-locale" par les physiciens.

Alors, phénomènes quantiques dans le cerveau ou non ? En l'état actuel de la Science, personne ne peut se prononcer avec certitude mais il y a quand même des indices qui ont mis Penrose sur la voie et qu'il développe dans son dernier ouvrage que j'ai déjà cité : "Les Ombres de l'esprit".

Pour ce qui concerne les philosophes, je ne vois vraiment pas quel rôle ils y pourraient jouer, même épistémologique, alors qu'ils n'ont pas le bagage suffisant en mathématiques indispensable pour comprendre la théorie de mécanique quantique elle-même très complexe !
C'est Niels Bohr qui affirmait : "Quiconque apprend la mécanique quantique et n'est pas saisi de vertige n'y a rien compris !"
L'immense physicien américain Richard Feynman déclarait : "Personne ne comprend la mécanique quantique". Il voulait dire par là que l'on ne comprend pas ce que signifient vraiment ses équations ! Aussi, alors qu'un jour un de ses étudiants lui demandait la signification d'une équation il répondit : "Shut up and calculate !"

Mathématicien (à la retraite !) je ne peux que tenter de comprendre de quoi il s'agit vraiment, même aidé par un niveau de connaissance assez élevé en mécanique quantique (par la théorie et non par sa vulgarisation qui ne vulgarise rien du tout !).
Ave mes sentiments les plus amicaux.

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