La démarche d'observation et de description systématique de la nature commence dès l'Antiquité avec Théophraste, Antigonios de Karystos et Pline l'Ancien. Le terme d’histoire naturelle a commencé par désigner au XVIe siècle les livres décrivant les objets de la nature. Au siècle suivant, et plus encore au XVIIIe siècle, l'expression servait à désigner l'étude des objets observables, tant en astronomie, qu'en botanique, en zoologie ou en géologie. A l'époque, le spécialiste d'histoire naturelle est un naturaliste.
Plus tard, l'Histoire naturelle de divise en nombreuses spécialités, au point que la démarche naturaliste et le métier de naturaliste disparaissent ; les mots mêmes prennent une connotation archaïsante, tandis que biologiste et sciences naturelles acquièrent par contraste une aura de modernité.
Le besoin d'une vision globale et interdisciplinaire subsiste néanmoins, ce qui développe de nouvelles approches comme la Géonomie.
Comme le fait remarquer Yves Delange du Muséum national d'histoire naturelle de Paris, il y a trop souvent opposition aujourd'hui entre naturaliste et biologiste. En citant Jean Dorst
Les progrès de la génétique, l'interconnexion des savoirs, l'approche géonomique et la mode du développement durable (quelles qu'en soient les interprétations, les instrumentalisations ou les degrés de compréhension) ont mené à un regain actuel pour l'histoire naturelle, vue comme une "Histoire globale" de l'Univers, du système solaire et la planète Terre : histoire interdisciplinaire à la fois cosmogonique, physique, chimique, biologie et humaine. Des livres comme "Le livre de la Vie" (sous la direction de Stephen Jay Gould), "Les mondes disparus" d'Eric Buffetaut et Jean Le Loeuff, "Classification phylogénétique du vivant" de Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, "Guide critique de l'évolution" de Guillaume Lecointre, Corinne Fortin, Gérard Guillot et Marie-Laure Le Louarn-Bonnet ou "Miroirs de la Terre" d'Ion Cepleanu et Stephen Giner, relèvent de cette nouvelle "Histoire Naturelle" globale. Dans son "Mystère des abysses" (p. 54) Jean-René Vanney écrit: [cette relation] "ne devrait pas être un égrènement d'événements dans le temps, ni une chronique de tel ou tel phénomène, plutôt une gerbe liant les faits dans leur globalité".