Une des bases de la démarche scientifique est l'expérimentation, c'est-à-dire le recueil de données sur le domaine d'étude, et la confrontation du modèle aux faits.
Les méthodes expérimentales sont utilisées à ces fins.
L'un des précurseurs de la méthode expérimentale est le physicien et chimiste irlandais Robert Boyle, qui est aussi le père de la philosophie naturelle.
La méthode expérimentale est utile, en particulier, pour éviter les biais de confirmation d'hypothèse.
Les méthodes de microscopie sont utilisées principalement en sciences de la matière et de la vie : sciences des matériaux, biologie moléculaire, géologie… mais aussi pour les investigations : police scientifique, épidémiologie et diagnostic médical (culture de cellules), études environnementales (hygiène et sécurité du travail, pollution)…