La programmation système est un type de programmation qui vise au développement de programmes qui font partie du système d'exploitation d'un ordinateur ou qui en réalisent les fonctions. Elle se distingue de la programmation des applications en ce qu'elle s'intéresse non pas au traitement des données, mais aux interfaces, aux protocoles et à la gestion des ressources, telles que le temps et l'espace.
Elle inclut, en outre, l'accès aux fichiers, la programmation du clavier, de l'écran, des modems, la programmation réseau, et, en général, la programmation de tous les périphériques qui font entrer ou sortir de l'information d'un ordinateur, de la mémoire vive et des processeurs.