Jusqu'en 1991, les utilisateurs du projet GNU étaient obligés, faute de mieux, d'utiliser les outils que le projet avait déjà développés (par exemple bash, emacs, etc.) sur des systèmes d'exploitation non libres.
En 1991 fut initié le projet Hurd, incluant un noyau pour le projet de système d'exploitation libre GNU.
La même année, le développement du noyau Linux sous la Licence publique générale GNU vint combler cette lacune. Le projet Hurd fut ralenti, car de nombreux développeurs se joignirent au rapide développement de Linux.
Toutefois, si Linux est sous licence GPL, il ne procède pas directement du projet GNU, et possède un développement indépendant de ce projet.
Le projet GNU doit beaucoup à Linux :
Mais le projet GNU adresse également certaines critiques à Linux :