Les bactéries chimiotrophes sont des procaryotes qui utilisent l'énergie de composés chimiques comme source initiale d'énergie. On les distingue des bactéries phototrophes, lesquelles utilisent l'énergie lumineuse.
Ces bactéries utilisent des composés chimiques, par oxydo-réduction pour élaborer leurs propres constituants organiques. Selon la nature du composé utilisé, minéral ou organique, on en distingue deux grands types :