Un effet protecteur de l'AOP sur la diversité des champignons des fromages bleus

Publié par Adrien le 04/02/2020 à 08:00
Source: CNRS INEE
Dans une étude publiée dans Molecular Ecology, des chercheurs du CNRS, de l'Université de Paris Saclay, de l'Université de Brest, et de l'INRA, en collaboration avec le LIP SAS, entreprise productrice de levains d'affinage, ont reconstitué l'histoire de la domestication de la moisissure utilisée pour l'affinage des fromages bleus, Penicillium roqueforti. Des analyses de génomes des champignons utilisés pour l'affinage révèlent deux domestications indépendantes, avec une population spécifique du Roquefort, et une lignée clonale utilisée pour tous les autres fromages bleus. L'AOP spécifiant l'utilisation de souches de champignons locales a eu un effet protecteur sur la diversité de la population Roquefort.


Fromage AOP Roquefort © Tatiana Giraud

La domestication d'organismes vivants correspond à l'acquisition (En général l'acquisition est l'action qui consiste à obtenir une information ou à acquérir un bien.) de caractères utiles pour l'homme (Un homme est un individu de sexe masculin adulte de l'espèce appelée Homme moderne (Homo sapiens) ou plus simplement « Homme ». Par distinction, l'homme prépubère est appelé un...), sous l'action de la sélection par l'homme. La domestication est donc le résultat d'une sélection forte et récente, ce qui fournit un excellent cadre pour étudier l'adaptation et la diversification en lignées différentes. Dans cette étude publiée dans Molecular Ecology, des chercheurs du CNRS (Le Centre national de la recherche scientifique, plus connu sous son sigle CNRS, est le plus grand organisme de recherche scientifique public français (EPST).), de l'Université de Paris (L’Université de Paris était l’une des plus importantes et des plus anciennes universités médiévales. Apparue au XIIe siècle, elle est reconnue par le roi Philippe Auguste en 1200 et par le pape...) Saclay, de l'Université (Une université est un établissement d'enseignement supérieur dont l'objectif est la production du savoir (recherche), sa conservation et sa transmission...) de Brest, et de l'INRA, en collaboration avec le LIP SAS, entreprise productrice de levains d'affinage, ont reconstitué l'histoire de la domestication de la moisissure utilisée pour l'affinage des fromages bleus, Penicillium roqueforti.

En utilisant des approches de génomique (La génomique est une discipline de la biologie moderne. Elle étudie le fonctionnement d'un organisme, d'un organe, d'un cancer, etc. à l'échelle du génome, et non plus limitée...) des populations et de mesures de caractères phénotypiques, ils ont montré que ce champignon a été domestiqué deux fois indépendamment, pour la fabrication de différents types de fromages bleus: le Roquefort d'une part et les autres fromages bleus d'autre part. De plus, deux autres populations génétiquement différenciées ont été identifiées dans les moisissures d'ensilage, de bois et de nourriture. La population utilisée pour produire le Roquefort est issue d'un ancien événement de domestication, associé à une réduction modérée de diversité génétique (La diversité génétique est une caractéristique décrivant le niveau de variétés des gènes au sein d'une même espèce (voire sous-espèce). On parle...), et présente des caractéristiques bénéfiques pour la production fromagère préindustrielle, avec une croissance assez lente (La Lente est une rivière de la Toscane.) dans le fromage (ce qui permettait de les conserver plusieurs mois (Le mois (Du lat. mensis «mois», et anciennement au plur. «menstrues») est une période de temps arbitraire.) sans réfrigérateur) et une forte production de spores sur le pain, le milieu traditionnel utilisé pour cultiver le champignon.

De façon surprenante, la seconde ( Seconde est le féminin de l'adjectif second, qui vient immédiatement après le premier ou qui s'ajoute à quelque chose de nature identique. La seconde est une unité de mesure du temps. La seconde d'arc est...) population fromagère, plus récente et issue de la sélection d'une seule lignée clonale, est associée à tous les autres types de fromages bleus et dans de nombreux pays (Pays vient du latin pagus qui désignait une subdivision territoriale et tribale d'étendue restreinte (de l'ordre de quelques centaines de km²), subdivision de la civitas gallo-romaine. Comme la civitas qui subsiste le plus...) différents dans le monde (Le mot monde peut désigner :) (Gorgonzola, Bleu (Bleu (de l'ancien haut-allemand « blao » = brillant) est une des trois couleurs primaires. Sa longueur d'onde est comprise approximativement entre 446 et 520 nm. Elle varie en luminosité du cyan...) d'Auvergne, Stilton, Cabrales, Fourme d'Ambert,...). Cette lignée clonale présente des caractères davantage adaptés à la production industrielle moderne de fromages, avec une plus grande activité (Le terme d'activité peut désigner une profession.) de dégradation des lipides, une capacité de colonisation plus efficace des cavités du fromage, une plus grande tolérance au sel, et une très faible diversité.

L'adaptation rapide de la lignée industrielle s'est notamment réalisée par une sélection positive pour des variants dans certains gènes impliqués dans la production d'arômes, et par des transferts horizontaux de gènes. L'AOP Roquefort inclut dans son cahier des charges (Un cahier des charges est un document visant à définir exhaustivement les spécifications de base d'un produit ou d'un service à réaliser. Outre les spécifications de base,...) l'utilisation de souches locales du champignon Penicillium roqueforti, ce qui a permis de protéger la diversité génétique (La génétique (du grec genno γεννώ = donner naissance) est la science qui étudie l'hérédité et les gènes.) de la population utilisée pour sa fabrication. Cette étude met ainsi en lumière (La lumière est l'ensemble des ondes électromagnétiques visibles par l'œil humain, c'est-à-dire comprises dans des longueurs d'onde...) les processus d'adaptation rapide et soulève des questions sur la conservation des ressources génétiques des organismes domestiqués.

Référence

Emilie Dumas, Alice Feurtey, Ricardo C Rodríguez de la Vega (Vega est un lanceur de l'Agence spatiale européenne (ESA) réalisé en collaboration avec l'Agence spatiale italienne (ASI), et le Centre national d'études spatiales (CNES) pouvant placer en orbite...), Stéphanie Le Prieur, Alodie Snirc, Monika Coton, Anne Thierry, Emmanuel Coton, Mélanie Le Piver, Daniel Roueyre, Jeanne Ropars, Antoine Branca, Tatiana Giraud (2020) Independent domestication events in the blue‐cheese fungus Penicillium roqueforti. Molecular Ecology
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