Détection de SARS-CoV-2: la spectrométrie de masse montre son potentiel de rapidité

Une équipe du CEA-Joliot à Marcoule a détecté par spectrométrie de masse, en 3 minutes et sans réactifs spécifiques, des peptides signatures du virus SARS-CoV-2 dans des échantillons cliniques. Elle apporte ainsi une preuve de concept de cette méthode comme alternative possible à la PCR, actuellement méthode de référence.

La méthode de référence actuelle pour détecter le virus SARS-CoV-2 dans un organisme est la PCR qui recherche une séquence génétique spécifique au virus, après prélèvement nasal. Cette approche permet un flux important d'analyses, mais reste toutefois tributaire des mutations génétiques qui peuvent apparaître dans le virus et est longue à mettre en oeuvre.

L'équipe du CEA-Joliot a récemment démontré la possibilité d'une autre stratégie de détection du virus, afin de compléter les moyens de diagnostic. Elle a utilisé avec succès la protéomique shotgun (1) pour détecter et identifier une shortlist de 14 peptides signatures de SARS-CoV-2 dans un modèle de cellules en culture exprimant les protéines virales.

Dans la présente étude, les chercheurs ont analysé des échantillons d'écouvillons nasals provenant de patients en phase de rémission du CHU de Nîmes par spectrométrie de masse en tandem et ont réussi à identifier 2 peptides de la nucléoprotéine de SARS-CoV-2 et ce, en seulement 3 minutes d'acquisition et sans aucun réactif spécifique.

Plus rapide, plus précise, et non soumise aux variations génétiques de SARS-CoV-2, la méthode de spectrométrie de masse utilisée ici apporte ainsi une preuve de concept pour compléter la méthode PCR de référence, qui reste à ce stade indispensable. Pour se démocratiser, l'approche proposée doit encore compter sur la miniaturisation des instruments et l'optimisation du procédé.

Note:
(1) La protéomique "shotgun" fait référence à la caractérisation de fragments de protéines pour les identifier, et ce dans des mélanges complexes, en utilisant une combinaison de chromatographie liquide à haute performance combinée à la spectrométrie de masse en tandem.

Références:
Proteotyping SARS-CoV-2 virus from nasopharyngeal swabs: a proof-of-concept focused on a 3 min mass spectrometry window | Journal of Proteome Research